Pada 4 April 2001, perbicaraan Estrada bermula semasa Ombudsman Aniano Desierto memfailkan dakwaan rasuah 4 bilion peso Filipina .Beliau turut dituduh bersumpah bohong kerana mengisytiharkan nilai palsu aset dan menyalahgunakan identiti Jose Velarde, kepada mahkamah anti-rasuah Sandiganbayan.

Pada 12 September 2007, beliau menjadi Presiden Filipina pertama yang disabitkan kesalahan setelah mahkamah Sandiganbayan mendapatinya bersalah atas tuduhan menjarah yang boleh dihukum melalui reclusión perpetua.[1] Beliau ditahan di rumah rehatnya di Tanay, Rizal tetapi akhirnya diampunkan oleh Presiden Gloria Macapagal-Arroyo pada 25 Oktober 2007.[2]

Pada Oktober 2007, Presiden Arroyo bersetuju memberi pengampunan kepada Estrada. Beliau menjelajah seluruh Filipina dan menyampaikan barang makanan, ubat-ubatan dan pakaian sebagai tanda terima kasih di atas sokongan rakyat jelata.